Les Autorités communales de Commugny se composent de deux pouvoirs distincts :
La Municipalité, pouvoir exécutif, composé de 5 membres et élu au système majoritaire.
- administre la commune
- engage le personnel communal
- veille à l'exécution des lois et règlements
- représente la commune
- prononce les amendes pour contravention aux règlements
Le Conseil communal, pouvoir délibérant, composé de 50 membres et élu au système majoritaire.
- vote le budget et l'arrêté d'imposition
- contrôle la gestion et les comptes
- approuve les règlements communaux
Ces deux pouvoirs sont élus par l'ensemble des citoyennes et citoyens.